Para pengajar juga akan dibina dan didampingi oleh Kementerian Agama RI agar materi yang diajarkan ke depan sesuai dengan ajaran agama, Pancasila, dan NKRI.
Pemerintah menegaskan bahwa tidak akan mengambil alih pengelolaan Pondok Pesantren Al Zaytun.
Bangunan pesantren akan tetap berdiri, namun dengan adanya manajemen baru. Pesantren ini akan tetap berfungsi sebagai lembaga pendidikan dengan kurikulum baru yang didampingi oleh Kementerian Agama RI.
Dengan langkah-langkah ini, pemerintah berkomitmen untuk memastikan Pondok Pesantren Al Zaytun tetap berjalan dengan baik, memberikan pendidikan yang bermutu, serta menjamin keberlangsungan pembelajaran tanpa mengesampingkan nilai-nilai agama, Pancasila, dan NKRI.